Die Probe wird thermisch atomisiert. Verbindungen werden dadurch in ihre Elemente zerlegt, diese werden mittels ihrer spezifischen Eigenschaft, Licht einer definierten Wellenlänge zu absorbieren, detektiert. Das WAT-Labor setzt dafür ein so genanntes CS-AAS (continnum source) ein, welches die neueste Entwicklung auf diesem Gebiet darstellt und im Gegensatz zu den üblichen Geräten eine viel höhere Auflösung bietet. Hiermit werden standardmäßig Metall-Kationen wie Calcium, Kupfer und Eisen nachgewiesen. Außerdem steht ein Gerät mit Graphitrohrtechnik (GRT-AAS oder auch ET-AAS; ET = elektrothermische Atomisierung) zur Verfügung, dass der Analytik im Spurenbereich z.B. zur Analyse von Blei im Trinkwasser dient. Eine besondere Form der AAS stellt die so genannte KDT-AAS (Kaltdampftechnik-AAS) dar. Mit dieser Methode wird Quecksilber bis in den unteren ppb-Bereich (ppb = parts per billion, also eine Konzentration in µg/l) nachgewiesen. Die Quecksilberanalytik mittels Kaltdampftechnik-AAS erfolgt nach DIN EN 1483 und ist ein wichtiger Abwasser-Parameter.
Alkalimetalle wie Natrium und Kalium können in hohen Konzentrationen einfach über die FES (Flammenemissionsspektrometrie) bestimmt werden.